男性Y染色體異常可做三代試管助孕，當不能生男孩時。因為第三代試管受精可以在胚胎移植前篩查染色體，消除異常染色體胚胎，將正常健康的胚胎移植到女性子宮腔，從而大大降低下一代遺傳的可能性，實現優生學。而男性Y染色體異常一般只會遺傳給男孩，不會遺傳給女孩，所以通過三代試管助孕只能生女孩，避免傳給后代造成不良影響。

正常情況下，男性染色體核型為46，XY，女性染色體核型為46，XX。如果性染色體的數量或結構發生變化，就會引起一系列的疾病。其中，男性Y染色體異常可能導致不孕，但也會導致反復流產、胎兒驟停等情況。

因為女兒是由父母兩個X染色體組成的，兒子是由母親的X染色體和父親的Y染色體組成的，如果異常只出現在男性Y染色體上，那么懷孕后生女孩不容易出現遺傳問題，而生男孩會出現遺傳問題。

目前，國內第三種試管受精技術可以實現性別選擇，但根據國內有關規定，沒有醫學指征的情況下不允許試管受精篩選性別。如果染色體異常和性別遺傳，可以進行性別篩查，如Y染色體微缺乏男孩會出現兒童代會發病，因此建議進行性別篩查，選擇生女孩。